以下內容根據 AMS 於 2020 年十月發布之官方文件,然而硬體規格發展快速,硬體選擇仍需考慮當時
硬體發展狀況:
一般硬體建議
- CPU 處理器:一般情況下,核心數愈多愈好
- RAM 記憶體:每個 CPU 核心至少分配 2GB 記憶體。記憶體如果不足,容易出現計算任務中斷的情況。若預算足夠,建議每個 CPU 核心可以分配 4GB 記憶體,例:12核心的處理器,至少應有 24 GB 記憶體,若提升到 48GB 記憶體,可以滿足大部分計算需求
- 硬碟:足夠容量的 SSD 硬碟可以負擔較大系統的計算,尤其對於 ADF 中的 TDDFT 計算影響較大。並建議另外購買 HDD 硬碟,儲存大量計算結果
- OS 作業系統:Linux / Windows / MacOS 皆可使用 AMS。計算工作於 Linux 系統上運行效率較佳
- GPU 顯示卡:目前 AMS 的各個模組中,只有 ADF 的部分功能可以透過 GPU 加速 (GGAs 泛函及針對 energies, forces, Hessians 的計算) 。可以使用 NVIDIA 的 Tesla P100, V100, A100, Titan V 或 GP100/GV100 進行加速。但以目前的加速效率來說,增加 CPU 核心數會是更好的投資
其他建議
- 運行 AMS 各模組,建議關閉系統中 Hyperthread (超執行緒) 設定
- Google Chrome 的運行會對 RAM 及 CPU 產生極大的干擾,可能導致計算效率不佳
- 各式防毒軟體都會影響計算效率
- 使用 AMD Zen 處理器之計算主機,下載相對應的 AMS AMD Zen 版本,可以讓 AMD Zen 處理器計算更有效率
ReaxFF 計算建議
- Windows 上計算 ReaxFF 時,建議設定變數 NSCM=1 並且開啟 OpenMP 平行計算,可以提升計算效率
- 計算 ReaxFF MD 時,建議每一個 CPU 核心至少分配到 1000 個原子,例:3000 個原子的 ReaxFF,最多使用兩個 CPU 核心計算
- 長時間的分子動力學模擬可能需要大容量硬碟儲存軌跡檔資料
計算主機採購建議
以下資訊提供參考,硬體採購時仍需考量經費預算、計算類型等因素來做選擇,若想瞭解更多細節,歡
迎來信詢問
- 預算10萬元左右的桌上型主機:
- CPU 處理器: AMD Ryzen 7 / 9 (e.g. 3950X) 或是 Intel i7 / i9 (e.g. 10900K)
- RAM 記憶體:64GB
- 硬碟:1TB NVMe SSD 安裝作業系統及暫存計算檔,8TB HDD 用於長期儲存
- 預算50萬元左右的工作站:
- CPU 處理器:1×32, 2×32 或 2×64 核心的 AMD Zen2 Epyc (Rome)。Intel Xeon 可以採購
- 2×28 核心。
- RAM 記憶體:每一個 CPU 核心,最好可以分配到 4GB RAM 記憶體
- 硬碟:足夠的容量 (e.g. 4TB SSD + 儲存長期檔案的 HDD)
參考 SCM 文件
此文件參考 SCM 官方文件,為 AMS 開發工程師 Hans 及 Alexei 針對運行 AMS 的硬體建議